la forma de alinear una tabla es mas o menos como vos dijiste, haces una tabla que ocupe 100% de ancho y de alto y le metes la otra adentro.
Seria algo asi:
<table width="100%" height="100%">
<tr>
<td align="center" valign="middle">
<!--
tu otra tabla sin etiquetas align o valign ni en table ni en el td
-->
</td>
</tr>
</table>