Supongo que quieres chequear el directorio raiz. en ese caso, como no se puede desmontar (creo) se debe proceder con un diskette de arranque. Buscando con google encontrarás como hacerlo. Si la partición a chequear es otra, simplemente desmontandolo ya puedes hacer el fsck.
Si estás decidido a formatear hazlo, pero si quieres aprender más cosas, estaría bien tratar de repararlo y ya lo sabes para la próxima.
Saludos
