Hola, Bluesman74cl.
Pon así tus input:
<input type="checkbox" id="medico2" value="checkbox" onclick="cambio('medico')">
<input type="checkbox" id="paciente2" value="checkbox" onclick="cambio('paciente')">
Y en la función:
function cambio(idCapa) {
chk=(idCapa=='medico')?'paciente2':'medico2';
document.getElementById(chk).disabled=document.get ElementById(idCapa+'2').checked;
...
Espero que te sirva. Saludos,
