todavia no me queda claro a que le llamas aplicaciones windows...pero si es hacer formularios......con botones y esas cosas si puedes, debes trabajar con el swing.......ahi te dejo unos link interesantes de swing...
http://www.programacion.com/java/tutorial/swing/ http://www.oop-reserch.com/xmlpanel_1_2.html http://www.itapizaco.edu.mx/paginas/...4/cap14-1.html
si puedes generar .exe con net beans, pero se trabaja por paquetes....no es com por ejemplo visual basic que cres el .exe......
si necesitas algo mas me escribes
saludos