Hola otra vez:
Verás... tengo una especie de "probador de scripts" y le puse este código para un solo popup:
<html>
<head>
<script>
function ini() {
var ventana = window.open('', '', '');
ventana.document.open();
ventana.document.write("<html><body onload='opener.focus()'></body></html>");
ventana.document.close();
}
</script>
</head>
<body onload="ini()">
</body>
</html>
Y no me dió error y quedó el foco en la ventana principal... cuando la relación es con nietos es más difícil de probar, así que si tienes el código para verlo o un enlace, creo que sería más fácil ayudarte.
Saludos