El caso es que existen más navegadores además del netscape y explorer. Si cargan tu página con mozilla la verán igual que con ns, y probablemente si entran con cualquier navegador que respete los estándares, también.
Casi que, si quieres esa alerta, verifique si es explorer, y el resto, que salte la alerta.
Código:
<script language="javascript" type="text/javascript">
if(navigator.appName!="Microsoft Internet Explorer"){
alert('tu mensaje aquí')
}
</script>
de todas formas mi consejo es que revises el código de tu página y lo adaptes a los estándares.
traslado tu pregunta al foro de javascript
movido desde html
saludos