A ver si entendí ahora ..
Si tu tienes una estructura tipo:
/
/directorio1
/directorio2 --> aquí nose.php que llama a tu menu.php bajo un include
/directorioN
index.php -> que llama a tu menu.php
menu.php -> y .. menu.php lo tienes en el raiz por ejmplo
Para ese tipo de "lios" de directorios lo ideal es que indiques rutas abosolutas completas a tus archivos a incluir y lo mismo en las imagenes/archivos (como css, javascript externos .. etc) que uses en ellos.
Es decir .. un supuesto menu.php con llamadas a imagenes deberían ser tipo:
<img src="http://www.nose.tal/imagenes/aqui_una.tal">
De esta forma dará igual donde llames tu include("menu.php") con su ruta absoluta si corresponde o relativa según subas de rama en tu estructura de directorio.
Y los links que hagas "dinámicos" .. si son archivos a incluir deberías usar rutas absolutas tipo:
include($_SERVER['DOCUMENT_ROOT']."/menu.php");
o donde tengas tu menú .. el caso es que "DOCUMENT_ROOT" (hazle un echo a eso) te va a devolver la ruta absoluta de donde esté tu sitio (si usas servidores virtuales será tu sitio .. si no usas servidores virtuales y divides tus "sitios" en simples directorios .. tendrás que añadir ese directorio a la ruta ..)
Un saludo,