Si no forzastes tu vía CHMOD() (de PHP) en que permiso quedan tus archivos al subirlos y moverlos a su destino definitivo .. PHP le asignará el UID (usuario) que lo creó . .en ese caso el própio usuario que use PHP en ese servidor o si está como módulo de Apache ese mismo.
La solución sería que forzases en tu código (programación) el CHMOD que te interese .. parece que el 0644, pues ese.
www.php.net/chmod
Un saludo,