Pero .. exactamente el contenido a ser buscado donde está? .. En páginas HTML con el contenido ahí incrustrado? separado del HTML de sus presentación en archivos de texto plano? ...
Bueno .. en tal caso parece que te conviene ver alguno tipo "spider" que siga los links de tus páginas y las indexe en alguna base de datos o archivos de texto plano. O simplemente usas el API de google y que te busque en tu sitio y listo.
De todo esto encontraras en
www.hotscripts.com sección "search engine" de las aplicaciones en PHP.
Un saludo,