En principio, un subdominio tipo subdominio.dominio.com no se diferencia en nada en cuanto a su comportamiento de
www.dominio.com (de hecho www es un subdominio).
Si tu hosting te permite crear subdominios, funcionarán independientemente del dominio principal.
Tal vez tu duda venga de los servidores Cpanel, donde al crear un subdominio, se puede acceder de las dos formas que comentas, pero si utilizas el subdominio, éste no tiene que desaparecer para nada.