Hola asinox:
No sé si te entendí bien, pero creo que lo que quieres es lo más fácil...
... sólo te falta un bucle y un acumulador:
Ten cuidado de no dar a la variable el mismo nombre que la función (numero)
function numero(){
var cedula = "00100096553";
if(cedula.length!=11){
alert("Cédula mal digitada");
}else if(cedula.length==11){
//variable="00100096553";
numero=new Array();
for(var a=0;a<cedula.length;a++){
numero[a]=parseInt(cedula.charAt(a));
}
for(var b=1; b<=10;b+=2){
numero[b] = numero[b]*2;
document.write(numero[b] + "<br>");
if(numero[b]>9){
var numDiv=numero[b].toString().split();
var n1=parseInt(numDiv/10);
var n2=numDiv % 10;
// alert(n1+"-"+n2);
var sum=n1+n2;
}
}
for(var i=1, contador = 0; i<=10;i++) contador += numero[i];
alert(contador);
}
}
Fíjate que solo puse un bucle que recorre el array y va sumando los valores al acumulador (contador)
for(var i=1, contador = 0; i<=10;i++) contador += numero[i];
Saludos
