Bueno, podrias hacer otro bucle for con cada elemento de numeros. Mirar a ver si el numero de la iteracion es par, si es par lo multiplicas por 2, sino por 1.
Código PHP:
for(a=0;a<numero.length;a++) {
if(a%2==0) numero[a]*=2;
else numero[a]*=1;
}
Espero que te valga esa solucion.
Salu2.