Supongo que usas rutas tipo:
noticias.php?seccion=tal&id=nosecuantos
Bien .. al parecer ese tipo de URL's no los sigue bien los robot´s de google y otros navegadores ..
Puedes probar las técnicas que se describen en este tutorial para obtener mejores resultados en buscadores. De hecho aquí en foros del web se notó el cambio de tipo de URL's usando el "mod_rewrite" que describe entre otras técnias el artículo en cuestión:
http://www.zonaphp.com/articulo30.php
Un saludo,