Usa dos campos en tu formulario y ambos tipo array
<input type="file" name="archivo[]">
<input type="text" name="ruta[]">
<input type="file" name="archivo[]">
<input type="text" name="ruta[]">
<input type="file" name="archivo[]">
<input type="text" name="ruta[]">
En PHP recibiras un array con los archivos en:
$_FILES['archivo']['tmp_name'][$x]
y en
$_POST['ruta'][$x]
el otro array con sus rutas .. Aplica un bucle for() (para componer $x) y aplica tu move_uploaded_file() en cada pasada del bucle con ambas variables ..
Revisa la documentación oficial de PHP para ver el tema de como trabajar un upload de multiples archivos a la vez:
http://www.php.net/manual/en/feature...d.multiple.php
Un saludo,