Tienes administradores (para windows) "visuales" que permiten establecer tus relaciones de tablas e integridad referencial y en general "modelar" tu BD Msyql tipo:
Navicat
www.mysqlstudio.com
EMS Mysql Manager
www.mysqlmanager.coim
Pueden trabajar con tablas Innodb y con las últimas versiones de Msyql .. Ademas todo bajo un entorno "visual" al más puro estilo "Access" o similares.
Un saludo,