PHP con sus libreiras MING puedes generar archivos .SWF que no son exactamente los archivos "fuente" tipo .fla que crea FLASH sino algo más "básico" que son sólo las animaciones vectoriales (todo esto te lo podrán confirmar mejor en el foro de flash).
Pero, .. lo dicho .. necesitas tener instaladas en tu servidor dichas extensiones:
www.php.net/ming
Revisa la documentación oficial .. tienes ejemplos
Un saludo,