Hola
Puedes probar este:
http://sourceforge.net/projects/denature/
Tambien creo que el acrobat writer puede abrir .html y grabarlos como .pdf.
Puedes probar este, aunque es de pago:
http://www.easysw.com/htmldoc/
Este te permite ir haciéndolo página a página:
http://www.easysw.com/htmldoc/pdf-o-matic.php
Y seguro que buscando un poquito en los foros o en tu motor de búsquedas favorito consigues más programas para esto...
Suerte