Hola,
Para asignar un valor a una variable javascript desde PHP:
Código PHP:
<script>
var texto="<?php echo $var; ?>";
</script>
Y para lo otro, no entiendo que quieres decir con "indexar". Si a lo que te refieres es a poner un nombre distinto, date cuenta que el HTML generado es un simple texto. Puedes usar una variable contador:
Código PHP:
$cont=1;
while (...) {
echo "<font name=\"nombre_$i\">";
}
Saludos.