Hola,
Opcion 1: usar las funciones de FTP
www.php.net/ftp
Opcion 2: usar la extension cURL (o algo parecido) para simular un upload POST. Necesita en el servidor destino un script que procese el upload POST, como un upload normal.
Opcion 3: usar XML-RPC o SOAP, necesita un script en el destino para realizar el upload.
Saludos.