Si tus consultas SQL no hacen lo esperado .. tal vez estén arrojando algún tipo de error pero .. este error no lo ves .. usa estructuras tipo:
Código PHP:
$result=mysql_query("select * from maestro where rut= '$BuscarRut' and nombres='$nombres' order by nombres",$Conexion) or die (mysql_error());
Para detectar algún posible error de conexión o de sintax SQL ..
Un saludo,