Te puede estar pasando 2 cosas:
1- te estas olvidando de borrar los archivos temporales de internet cada vez que actualizas una pagina y por lo tanto el navegador interpreta los archivos viejos que estan en el cache.
2- estas teniendo un problema de urls que escapa la problematica de script, ya que funciona bien. Te recomiendo controlar de donde estas queriendo llamar esa pagina, de donde estas leyendo los valores, y si los valores existen o no estan definidos.
y por ultimo me olvide algo muy importante, agrega esto por las dudas (para hacerlo mas compatible):
Código PHP:
win = window.open(pagaf,'Afegir','scrollbars=yes,resizable=yes,width=400,height=430');