bienvenida al foro
ventana?? te refieres a la ventana(barra de menus, barra de direcciones, barra de herramientas?)
no puedes hacer modificaciones en la ventana "padre", lo que podrias hacer, es abrir una ventana nueva (popup)con chromeless checa esta web para obtener el codigo...
http://www.chromeless.org/
asi si quedan las ventanas completamente del color que tu necesites!
la desventaja es que solo se verá en IE
a que te refieres a que es apañada??????? espero me lo expliques
saludos primor