Qué tal,
el método write() sólo debe usarse mientras la página aún se está cargando en el navegador. Una vez ha terminado de cargar, si se usa el write lo que hace es sobre-escribir el documento. Es decir, te vuela lo que tenías y te lo substituye por lo que hayas escrito con el write()
Para que no te suceda eso puedes usar innerHTML pero si quieres hacer las cosas bien, usa el DOM.
Tienes una muy buena introducción al DOM en
www.tierradenomadas.com 