En principio habría que "serializar" ese array si es que javacript o tus rutinas javacript no lo hacen ya de por sí..
Por ejemplo si haces
$a=array(1,2,3);
echo "<a href='pp.php?a=$a'>link</a>";
en pp.php obtendrás un "Array" (así tal cual) como valor de $_GET['a'] .. por qué no lo serializastes ...(con serialize() y unserialize() .. hay un ejemplo completo de uso con más detalles en las FAQ's del foro).
Supongo que javacript también tendrá sus métodos para hacer lo mismo si vas a propagar por el URL un array generado desde javascript ...
Un saludo,