Hola,
Quizas es que la URL generada por tu javascript no es la correcta. La entrada del PHP es la URL, si la URL no es correcta no puede hacer nada. Si tu codigo javascript no genera la URL correcta, es "culpa" de tu javascript, no de tu PHP. Y lo mismo con PHP. Por ejemplo, si en PHP intentas pasar un array haciendo:
Código PHP:
<?php
$a=array(1,2,3);
echo "<a href='pp.php?a=$a'>link</a>";
veras que pp.php nunca recibira el array correctamente, porque ese PHP no genera la URL correcta.
Si se pueden pasar arrays de javascript a PHP por URL, pero de la forma correcta.
Saludos.