A falta de algun sabio contestare yo
Primero, verifica que todas tus referencias a imagenes y links en el HTML apunten a la ruta absoluta, no relativa. Es decir, que en lugar de tener <img src='imagenes/esta_imagen.gif'> debes tener <img src='http://www.mipagina.com/imagenes/esta_imagen.gif'>
Luego, pon cualquier codigo JScript que tengas en un archivo externo para que lo referencias con <script src...>
Para que todo este conjunto se vea bien en hotmail, yahoo y demas, la recomendacion final es que todo el cuerpo del html este en una tabla. Al enviar, envia solamente esta tabla, nada de <html> hasta <body...> ni de </body> a </html>.
O sea, donde enviabas
<html>
<head>
<title>mi mail</title>
</head>
<body>
<table...>
....
</table>
</body>
</html>
envia solo
<table....>
</table>
De este modo lograras que estos editores interpreten el codigo como parte de su propia estructura y no lo aislen.
Y a enviar!