Pones este scrip entre los tags <head> y </head>):
<SCRIPT LANGUAGE="JavaScript">
<!-- Begin
var mfBanners = [
['http://www.direccion1.com', 'imagen1.gif'],
['http://www.direccion2.com', 'imagen2.gif']
];
var mfIe = false;
if( document.all) {
mfIe = true;
}
var mfBannerIndex = 0;
function mfBannerChange() {
var htmlString = '<a target="_blank" href="'+mfBanners[mfBannerIndex][0]+'"> <img border="0" src="'+mfBanners[mfBannerIndex][1]+'"></a>';
if( mfIe) {
document.all.banner.innerHTML = htmlString;
}
else {
document.layers["banner"].document.open();
document.layers["banner"].document.write( htmlString);
document.layers["banner"].document.close();
}
if(mfBannerIndex < mfBanners.length - 1)
mfBannerIndex++;
else
mfBannerIndex = 0;
}
setInterval("mfBannerChange()", 5000);
// End -->
</script>
y luego ubicas esto donde quieras q roten los banners:
<div id="banner"></div>