Cuando usas un documento PDF como plantilla y definiciones de "regiones editables" en ese PDF .. generas dos archivos: tu PDF y un .fdf que contiene el valor de tus "regiones editbles" y la definición de estas.
Ambos archivos van por separado y si los generas debes enviarlos los dos juntos .. Por defecto para iniciar tu PDF con esos datos cargados sobre tu PDF debes iniciar el .fdf que este a su vez llamará al PDF plantilla .. pero se puede configurar (con tu Adobe Acrobar Writer) que sea el .pdf el que busque al .fdf .. Pero, siempre tienen que existir ambos archivos ..
Lo ideal en ese caso sería que enviases ambos archivos con PHP mailer como datos adjuntos para tu e-mail ..
Tienes un ejemplo interactivo de creación del .fdf a partir de datos generados desde PHP (desde un formulario en ese caso) en:
http://www.koivi.com/fill-pdf-form-fields/
Fijate que lo que genera el ejemplo es el .fdf de forma dinámica .. y lo que "clickeas" es ese .fdf que llama al .pdf que usa como plantilla.
Un saludo,