llamada a funciones

[aeb_asturias]

Hola. Mi duda es la siguiente:

¿como se puede llamar a una funcion javascript desde php?

es que he intentado alternar php con javascript para llamar a dicha funcion y no me funciona. Ejemplo del codigo implicado:

<?
function tratarExperimento(){
global $operacion;

mysql_connect("localhost","","");
foreach ($_GET['experimentos'] as $id){
if($operacion=="eliminar")
mysql_db_query("geneticos","delete from experimentos where IdExp='$id' ");
else{
?>
<script language=javascript>
ventanaSecundaria('http://localhost/web5/encolar_experimento.php')
</script>
<?
}
}

}
?>

pero no me funciona asi la llamada a la funcion de javascript "ventanaSecundaria()"

Un saludo a todos.