Hola, thewho:
Freehand es un poco especial para los EPS así que puedes probar a guardar en Photoshop en un formato EPS especial llamado DCS 1.0 (utiliza DCS 2.0 si tienes canales con tintas planas como, por ejemplo, algún color Pantone).
En principio, haciendo el trazado de recorte y guardando en DCS 1.0 no deberías tener ningún problema.
Ya nos contarás cómo te ha ido. Saludos