Bueno con la versión MX y MX 2004 en la barra de propiedades trae la opción para escoger el fondo del Flash, si tu versión es anterior o no la encuentras lo que debes hacer es insertar dentro de los parametros el siguiente:
<param name="BGCOLOR" value="#FFFFFF" />
donde value es el color de fondo.
Espero que te funcione.
Saludos