Si dices que vas a trabajar con Word . si usas windows S.O. del servidor podrías probar a usar las funciones de COM para generar ese documento Word o usar alguna plantilla de Word .. Pero, ahí desconozco el formato Word ...
www.php.net/com
La solución que te planteaba es factible .. la de generar tu PDF entero .. eso sí, el desarrollo de esas "plantillas programadas" sería bantante trabajo ademas de crear dependencia del programador si hay un ligero cambio en la plantilla ..
Un saludo,