Hola,
En principio son URLs distintas, y google puede pensar que son paginas distintas con el mismo contenido. Es mas, la URL real es
www.mipagina.com/index.html (o index.php o index.asp, o default.tal, lo que ste configurado en el servidor web).
Hay veces que google "adivina" bien que son la misma URL, otras no. No se cual es el motivo (¿configuracion del servidor web, del DNS, otro?).
El PR se basa en los links entrantes a la URL. Asi que debes intentar que sean todos a la misma URL.
Saludos.