Veamos, para cerrar la ventana principal desde el popup funcionaria opener.top.close(). Lo que no tengo ni idea es para cerrarla sin advertencia. Podria ser esto? [me lo he inventado sobre la marcha]:
function cerrar() {
var ventana = window.top;
ventana.opener = window.top;
ventana.close();
}
Ni siquiera lo he probado pero bueno, una idea instantanea
Un saludo.