Lo que pasa es que en webmatrix te guarda todo en un solo archivo.. y en VS Net existe lo que es el codebehind.. es decir.. todo lo que tienes dentro de tu
<script language="VB" runat=server>
..
...
</script>
Lo tienes que poner en el codebehind de tu archivo aspx.
En general con webmatrix creas el archivo x.aspx y en net te crea el x.aspx y
x.vb (código)
Si quieres pon el codigo que necesitas pasar a VS y con mucho gusto te puedo ayudar...
Saludos