Ok... gracias Mithrandir, los voy a checar..
De todas formas lo que acabo de hacer es crear un solo noncluster a 3 campos, y he tenido un mejor tiempo de respuesta.
Por otro lado tambien voy a crear algunas vistas y las voy indexar para obtener unos totales que tambien necesito y crear algunos Store Procedures para agilizar un poco mas.
Saludos