¿T que usas para verificar el formato? Porque si usas el tipo MIME, en los mismos comentarios de
http://www.php.net/manual/en/features.file-upload.php comentan que distintos navegadores envian distintas cadenas de tipo MIME.
Asi que si usas el tipo MIME para validar el formato, haz un echo del tipo MIME y mira si son distintas cadenas para el w98 y el xp.
Saludos.