No se si entiendo muy bien el problema.
El espacio que te queda arriba es por el div, si lo quieres quitar tienes dos opciones, cambia el orden del href y el div:
...
<body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
<p><a href="javascript
:URLportapapeles()">Copiar URL</a> </p>
<div id="LyURLHid" style="visibility: hidden">
<form name="formCoor">
<input type="text" name="hidURL" id="hidURL" value="">
</form>
</div>
</body>
o colocar el div en una posicion absoluta:
...
<body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
<div id="LyURLHid" style="position:absolute; left:0px; top:0px; width:0px; height:0px; z-index:1;visibility: hidden">
<form name="formCoor">
<input type="text" name="hidURL" id="hidURL" value="">
</form>
</div>
<p><a href="javascript
:URLportapapeles()">Copiar URL</a> </p>
</body>
De todas formas, como dice JavierB, creo que es más adecuado poner:
style="display:none"
en vez de:
style="visibility:hidden"
No se muy bien porque, lo lei en otro asunto, pero ya no me acuerdo.
Espero que se haya solucionado tu problema.
Saludos
rsalvadores