Ya no es sólo el GUI que uses que sea mas amigable o no .. el tema de usar uno u otro motor de BD sería que se preguntaran si van a requerir de funcionalidades como:
Claves foráneas, store procedures, triggers, sub-consultas standars .. etc. Cosas que soporta SQL Server pero no del todo Mysql (hasta que saquen la versión 4.1.x en adelante ...)
Msyql es justamente más rápida para algunas cosas que SQL Server por no disponer de esas funcionalidades y chequeos como el de la "integridad referencial" que hace SQL Server...
Interfaces (GUI's) gráficos para Msyql tienes unos muy buenos (incluido con asistentes para realizar consultas/generar y probar las consultas SQL, hacer reportes de Msyql y en general administrarla) como:
Navicat
www.mysqlstudio.com
EMS Msyql Manager
www.mysqlmanager.com
Un saludo,