El que sea NTFS solo evitará los chequeos cada que se reinicie, pero no te solucionara los reinicios.
Como ya has reinstalado y espero que estes seguro que tienes drivers 100% adecuados a tu marca/modelo de HW y a la version de windows; creo que el problema puede ser de hardware.
Revisa en las propiedades de los dispositivos a ver que IRQ tienen, no deberían de repetirse. (revisa en el bios que dice la opcion "PnP OS" o "Plug N Play OS")
Investiga la temperatura de la maquina, puede que se este sobrecalentando (El bios, Motherboard Monitor o Aida32 te ayudarán)
Revisa que tu memoria RAM no tenga errores fisicos (
www.memtest96.com o
www.memtest.org)