Hola, compañera:
No desesperes tan rápido.
¿Has impreso esas imágenes? Si aparecen bien a la hora de imprimir entonces no hay problema.
Cuando exportas o guardas en formato EPS, éste guarda una previsualización de la imagen en baja calidad. Le puedes indicar que sea en formato de un 1 bit (en negro y puntos como ves tú), 8 bits, etc.
Es esa previsualización la que te muestra QuarkXpress. La previsualización ayuda a trabajar de manera más rapida ya que así QuarkXpress no interpreta todo el EPS.
Así que... prueba a imprimir antes de asustarte
Saludos y espero que te sirva