Lo típico es redireccionar a tu página al terminar el proceso de Insercción de datos en tu BD o proceso en general .. En la página donde redireccionas será donde muestres el mensaje que corresponda .. sea tu "alert()" de javascirpt o un simple texto HTML como parte de la página .. Eso sí, ese mensaje se deberá mostrar cuando corresponda, para eso se usa una variable de control que le pasarás a tu index.php o página donde redirecciones ..
Ejemplo:
proceso.php Código PHP:
<?
// bla blabla procesos PHP
// si termina OK el proceso ...
header ("location: index.php?codigo=ok");
exit;
?>
y en tu
index.php (en tu <body> al principio de este aprox..)
Código PHP:
<?
if (isset($_GET['codigo'])){
?>
<script languaje="javascript">
alert ("Datos enviados correctamente ...");
</script>
<?
}
?>
Un saludo,