Lo de que debe quedar abajo en la pagina padre no lo entiendo muy bien pero bueno... Para colocar un boton para cerrar el popup en éste, incluye el codigo siguiente:
Código PHP:
<input type="button" onclick="self.close()" value="cerrar">
Aviso que si el popup tiene frames no funcionara, utiliza top.close() para cerrar la ventana desde el nivel mas superior (el nivel que incluye todos los frames). Tambien puedes incluir un boton de cerrar en el popup desde la pagina que lo abre, ese es otro cantar.
Alguna cosa mas pregunta.