Hola,
readdir() devuelve la ruta relativa al directorio que abriste con opendir(). Y en is_dir() tienes que especificarle la ruta absoluta. Asi que tendrias que hacer algo como:
Código PHP:
is_dir($path.'/'.$archidir[$i]);
Si $path ya finalizaba en / no es necesario ponerlo otra vez.
Saludos.