Si la pagina no es tuya obviamente no podras controlarla. Tienes dos opciones, o centrarla desde el mismo popup, o centrarla desde la pagina que lo abrio.
Desde el mismo popup utilizael codigo de la
faq 65 , pero si quieres centrarla desde la pagina que la abrió:
Código PHP:
ancho=100; //con tu caracteristicas
alto=200; //con tu caracteristicas
vent=window.open("","","height="+alto+",width="+ancho+""); //con tu caracteristicas
vent.moveTo( (screen.width-ancho) / 2 , (screen.height-alto) / 2) )
No he probado el codigo, deberia funcionar.