¿Pero esos programas sirven para unir video o audio? Son programas que cogen un archivo y lo parten, mas que nada sirven para poder enviar los trozos por correo electronico o como sea, y luego lo reconstruyen, pero creo que para unir video o audio no sirven

¿O sí?
En cualquier caso, para MOV yo probaría con el Rad Video Tools, no sé si tendrá la opción de unir video o no, pero lo probaría.