Hola
No te hace falta cortarlos, simplemente debes añadir más de un archivo al grabarlos. Supongo que usas el Nero ¿verdad? Entonces lo único que debes hacer es añadir 3 o 4 archivos (los que entren) en vez de uno sólo. Luego con el mando de tu DVD puedes seleccionar el capítulo que desees ver.
Aunque si deseas complicarlo un poco

puedes intentar con esto:
www.mundodivx.com/varios/dividirmpg.php ---> Dividir un MPG
www.mundodivx.com/varios/unirmpg.php ---> Unir un MPG
Espero que te sirva