Hola, compañero:
No coincido con la opinión de Lapiz, ya que GIF y PNG pueden utilizar transparencias pero son óptimos para la web y no para la impresión (sobre todo el GIF que sólo admite 256 colores).
Como dice Caminante, el formato que has de utilizar es el EPS que te permite tener un trazado de recorte (puedes hacerlo fácilmente en Photoshop) con el que limitar qué parte de la imagen deseas conservar mientras el resto quedará transparente en QuarkXpress.
Saludos y suerte
