Hola Cain, primero comentarte que no uso dtd, estoy utilizando weblogic junto con coldfusion(java, cfm, css, javascript y oracle).

De todas formas he encontrado algo que si me elimina las líneas del source del documento

:
<CFSETTING ENABLECFOUTPUTONLY="Yes/No">
Se supone que coldfusion guarda espacios o líneas en blanco, para todas aquellas etiquetas cf que no tienen salida(cfset, cfif, etc), y la verdad que el source queda mucho más presentable y las páginas pesan mucho menos.
Si a alguien le pasa lo mismo y necesita ver como utilizarlo que me lo diga y pongo un ejemplito

.
Saludos a todos y gracias por tu interés.