Finalmente he resuelto mi problema. Contaré qué ha pasado por si puede ser útil a alguna persona en un futuro.
Una vez reinstalado windows, el panel de control volvió a tener operativas todas sus opciones (os recuerdo que faltaba OPCIONES DE CARPETA). Así pues pude entrar en las opciones de carpeta y asignar la extensión lnk a accesos directos y ¡problema resuelto!
